ГПНИ «Инновационные технологии в АПК», 2011-2015 годы
Подпрограммы: «Устойчивое развитие экономики апк»; «Селекция сельскохозяйственных культур»; «Инновационные системы земледелия»; «Инновационные технологии в животноводстве»; «Процессы и технологии пищевых производств»
ГПНИ «Конвергенция», 2011-2015 годы
Подпрограммы: «Математические методы»; «Физика фундаментальных взаимодействий и плазма»; «Современное естествознание и технологии будущего»
ГПНИ «Космические исследования», 2010-2012 годы
Разработка научных основ, технологий и перспективных инструментальных средств для проведения комплексных исследований космического пространства и использования космической информации
ГПНИ «Медицина и фармация», 2013–2015 годы
Сформирована из заданий ГПНИ «Фундаментальная и прикладная медицина и фармация» на 2011–2015 годы. Подпрограммы: «Фундаментальная и прикладная медицина»; «Химфармсинтез»
ГПНИ «Строительные материалы и технологии», 2011-2015 годы
Разработка теории и методологии создания строительных материалов с высокими потребительскими свойствами на заданный срок службы, научных принципов создания импортозамещающих экологически чистых строительных материалов и технологий, обеспечивающих энергоэффективность и эксплуатационную надежность
ГПНИ «Функциональные и композиционные материалы, наноматериалы», 2013–2015 годы
Сформирована из заданий ГПНИ «Функциональные и машиностроительные материалы, наноматериалы» на 2011–2015 годы и ГППНИ «Композиционные материалы» на 2009–2013 годы. Подпрограммы: «Кристаллические и молекулярные структуры»; «Наноматериалы и нанотехнологии»; «Функциональные материалы»; «материалы в технике»; «Высокоэнергетические технологии»